《元朝秘史》记载成吉思坠马跌伤。而罗马天主教教廷使节约翰·普兰诺·加宾尼在《被我们称为鞑靼的蒙古人的历史》称成吉思汗可能是被雷电击中身亡。
据《蒙古秘史》记载，成吉思汗的遗体被葬在不儿罕山接近斡难河源头的地方，这是他生前指定的墓地。
《元史》则记载他和历代元朝皇帝都葬于起辇谷。起辇谷的具体位置不详。在今日蒙古国肯特省的不儿罕山间有一片被称为“大禁忌”的土地，为达尔扈特人世代守护，相传是成吉思汗的墓地所在。
大禁忌（蒙古语：Иххориг）是蒙古国肯特省的一处240平方公里的地域，据信是成吉思汗墓地所在。此地在历史上长期被小心地守护着，直到1980年代末期才对考古学家开放。
根据《蒙古秘史》，当成吉思汗在不儿罕合勒敦山附近狩猎的时候选择了这片地域。他在树下坐下，对此地风景印象深刻，他说：“多么美丽的景色啊！当我死后把我埋葬在这里吧。”
他具体是否被埋在这里不详，但蒙古人采取了几个步骤。此地难以到达，要通过覆盖着茂密森林的一系列山，并被宣称是神圣的，除了达尔扈特人以外禁止所有人入内。达尔扈特人是一组精英战士及其家人，负有禁止任何人进入的责任，否则就是死罪。唯一一个可以进入的合法理由是埋葬成吉思汗亲属。
自1227年成吉思汗死后，达尔扈特人及其后代忠诚地执行了他们的任务，直到1924年苏联的卫星国蒙古人民共和国成立为止。苏联害怕这片地域会成为公众易接近的成吉思汗纪念碑，将会鼓舞蒙古的民族主义，因此宣称此地是“高度受限制区域”，对其附近的10,400平方公里土地进行隔离。
在内蒙古自治区西部的鄂尔多斯高原上，有一座蒙古包式建筑宫殿，为成吉思汗的衣冠冢，经过多次迁移后直到1954年才由湟中县的塔尔寺迁回故地伊金霍洛旗，北距包头市185公里。每年的农历三月廿一、五月十五、八月十二和十月初三，为一年四次的大祭。
